Sinds 2000 is professor Van Assche verbonden aan UZ Leuven. Hij startte daar zijn loopbaan als staflid op de dienst gastro-enterologie. In 2015 werd hij diensthoofd van de dienst maag-, darm- en leverziekten. Tussen 2013 en 2015 maakte hij deel uit van het directiecomité, waar hij klinisch operationeel verantwoordelijke was. Sinds 2000 werkt hij ook aan de KU Leuven, waar hij deeltijds gewoon hoogleraar is.

Zijn interesse voor onderzoek vertaalt zich onder meer in een Fundamenteel Klinisch Mandaat voor het Fonds Wetenschappelijk Onderzoek (sinds 2003). Professor Van Assche was enkele jaren lid van de Onderzoeksraad van de KU Leuven (2009-2012) en in 2012-2013 was hij Director of Clinical and Translational IBD research aan het MtSinai Hospital in Toronto (Canada).

Professor Van Assche is getrouwd en heeft drie kinderen.